Australian kelpie förekommer vanligast som svarta eller som bruna i olika nyanser. Den bruna och svarta färgen tillhör B-locus. Brunt och svart står längst upp i hierarkin av de färgserier som förekommer hos kelpie. Dessa färger ligger därför till grund för de andra färgerna.

En brun kelpie har brunt pigment, förutom i sin päls, även på nos, trampdynor och läppar medan en svart kelpie har svart pigment på samma ställen som den bruna kelpien har brunt pigment.

Svart är dominant och brunt är recessivt i B-locus. För att det ska bli bruna avkommor måste det finnas en brun gen från modern och en brun gen från fadern. En brun kelpie (b/b) och en svart kelpie med homozygot genpar (B/B) kan endast få svarta avkommor. Men alla valparna blir anlagsbärare till brunt eftersom den bruna föräldern enbart kan lämna brunt anlag till sina avkommor. Två bruna föräldrar (b/b) kan aldrig lämna svarta avkommor eftersom hundar med recessiva anlag inte kan lämna något annat än sina anlag.

Nedan följer ett par exempel på korsningsscheman med vad olika föräldrar kan lämna för anlag till sina avkommor beroende på deras anlag. Färgen på hundarna visar deras fenotyp (vad man ser) och bokstäverna visar hundarnas genotyp (vad de bär genetiskt).

Den bruna färgen hos kelpie definieras antingen som chokladbrun eller röd, beroende på färgens nyans. Genetiskt påverkas färgen av dess intensitet som avgör vilken nyans individen får. Hur intensiteten i varje gen ärvs är inte riktigt känt. Dock vet vi att intensiteten ärvs ner från föräldrarna till avkommorna även om vi inte vet exakt hur.

Hur man avgör om en kelpie är choklad eller röd finns det lite olika åsikter om bland uppfödare. Ett sätt som förespråkas av en del, är att jämföra färgen på hundens nos med en kakaoböna. Är nosen ljusare än kakaobönan är hunden röd, annars är den chokladbrun. Det finns en mängd av hundar som är registrerade som choklad men ser mer ut att vara röda, och tvärtom. Men alla dessa hundar är genetiskt bruna (b/b).